本校歷來以人文與社會科學的學術研究為主，其中隸屬這些院系的教師，許多人多年來即從事宗教理論與實際的研究。隨著學術風氣的開放、學科整合的需求、以及國內各類宗教團體快速勃興的激盪，這群志趣相同的教師結合校外學者，先於85年3月成立「宗教研究中心」，試圖從哲學、史學、文學、社會學、人類學等角度，進行跨科際宗教研究。
「宗教研究中心」的各項活動，成效顯著，頗獲學界肯定，也引起其他教授與年輕學子對此學域的興趣。有鑑於國內宗教學術水平亟待提升，複雜的宗教現象需要詮釋釐清，更重要者，則為積極培育年輕的宗教學術人才，文學院遂於民國87年向教育部提出申請成立「宗教研究所碩士班」。88年教育部核准設立，文學院隨即積極著手規劃，於民國89年正式招生，成為國內第一所國立大學的「宗教研究所」。
本所於89學年度正式奉准成立碩士班以來，積極發展宗教學術教育。為顧及未來宗教學術發展之需，以培養高級的宗教研究人才，在跨學科與跨宗教傳統的訓練之下，使宗教研究成為具有深度的專業學門，實有必要成立博士班課程，故本所於94年向教育部提出申請成立「宗教研究所博士班」，96年教育部核准設立，本所隨即著手準備，於96學年度正式招收宗教研究所博士班第一屆學生。
